PCNL下碎石的工具包括液电、气压弹道、超声和激光等碎石工具，目前气压弹道、超声和激光的使用较为普遍。应根据患者的具体情况、结石的大小、硬度及是否合并感染等因素选择合适的碎石工具，从而提高碎石效率，缩短手术时间，减少手术并发症。
气压弹道碎石
气压弹道碎石通过压缩空气驱动的机械振动达到碎石目的。碎石探杆前端与结石接触，冲击前后的振幅不超过2mm，通过共振碎石。初学者使用中如探杆过度抵住肾盂黏膜可能发生损伤甚至穿孔等情况，使用时应注意探杆前端轻轻抵触结石即可。气压弹道碎石只能碎石而不具备取石功能，术中仍需要通过灌注冲洗将结石冲出或者使用异物钳将碎石抓取出。
超声碎石
超声波在换能器内将气压转换成机械振动能，使探针产生30-100μm纵向前后振动而击碎结石。超声探杆内部中空，可通过负压吸引将粉碎的结石及灌注液吸出。超声与负压组成的碎石清石系统术中碎石、取石一并完成。但是超声碎石对于操作技巧需要一定的要求，初学者操作中可能会出现探杆缩回肾镜内还持续超声粉碎状态易导致肾镜镜头损坏；此外，超声碎石对于一水草酸钙、胱氨酸等质地坚硬结石碎石较为困难，如过度顶压结石可能发生肾盂黏膜对穿。由于超声碎石需要使用灌注泵持续灌洗，肾盂内高压、低压状态交替，手术时间较长可能发生黏膜广泛渗血，影响视野。如果碎石过程中没有保持持续吸引则可能导致肾盂内压过高增加感染以及肾脏包膜下血肿风险。这一点初学者尤其需要注意。
激光碎石
经皮肾镜下的激光碎石以医用钬激光使用最为广泛。钬激光波长2.1μm，处于水的吸收峰值，激光能量被结石和组织中的水高效吸收，通过水分对结石的微爆破和软组织的汽化，实现碎石和切割的双重功能。由于钬激光在组织中穿透深度小于0.4mm，从而能够进行精准的切割而不损伤周围组织。热损伤小，各种结石能粉碎，同时还具备软组织切割、凝固功能，是国内PCNL开展最广泛的碎石方式，同时国外普及率也逐步增高。经皮肾镜下大功率钬激光碎石理念，目前经皮肾镜下激光碎石能量已经从传统30W提升到最高120W，大大提升了爆破效果，提高了手术效率。钬激光在泌尿外科中应用十分广泛，并可应用于皮肤科、妇产科、消化科、普外科、五官科等领域。钬激光可通过光纤的传导，因而可以配合各种内窥镜开展微创手术治疗，其对周围正常组织损伤小、术后恢复快、止血效果好等特点受到临床专家的青睐，已经成为泌尿系碎石的“金标准”。
