1.在外科手术中的应用：采用(出射端面)裸露光纤或装有蓝宝石刀头的光纤，进行非接触式或接触式激光手术。另外，激光经由光纤传输可通过很小的切口或人体自然开口进入内部组织，实现微创或无创手术。
2.激光碎石：用光纤传输的脉冲激光能将结石击碎成小块，然后由病人自然排出。已用于胆囊和泌尿系统的碎石。
3.组织间激光照射：对大块的病变组织，用穿刺针将光纤插入组织进行照射。
4.流质中的激光手术：通过光纤传输避免了激光在液体中的衰减，使激光作用于淹没在液体中的组织。如激光关节镜膝盖手术。
5.在医用内窥镜中起导光和导像作用。
光源发出的光传入导光束，在导光束的端部装有凹透镜，导光束传入的光通过凹透镜，照射于脏器内腔的粘膜面上，反射光经过成像物镜、纤维导像束和目镜，便能在目镜上观察到被检查脏器内腔的图像。
